因为担心汉臣手握大权出现“功高盖主”的情形，慈禧太后在这段时间里也有意打压汉臣的气势，清室贵胄们则利用这段时间大举“排汉”，让很多汉臣离开军队，只给予他们一些并无实权的工作。但对于段祺瑞来说，塞翁失马，焉知非福？他回到了学堂里，不断笼络着这些帝国未来的将领，将自己的力量迅速扎根在了军队的最基层中。清室贵胄们只顾着争夺眼前的军权，完全忘记了“十年树木，百年树人”的老话，等若干年后他们回过味来，帝国的万里之堤已经被他们自己破坏了。
1908年10月17日，段祺瑞出任会考陆军留学毕业生主试大臣，这样一来，大量依附于他的学生得到了出国深造的机会，他也借此悄无声息地壮大着自己的力量。加上与日本陆军士官学校合作，使得段祺瑞结交了不少日本官方人士，这也为日后皖系与日方的合作打下了基础。对于皖系这棵树来说，如今正在浇水施肥的过程中，但这也是北洋系内部逐渐分化的开端，王士珍、冯国璋在这段时间内和袁世凯一样相对沉寂，也使他们失去了迅速崛起的基础，而段祺瑞则很好地利用这段时间巩固着自己的势力。
毫无疑问的是，北洋系正处于创立以来最为沉寂的时期，随后更为沉重的打击也接踵而来。1908年11月，光绪和慈禧先后逝世，慈禧太后在逝世前没有如袁世凯所愿，选定庆亲王的长孙为嗣，而是选择了醇亲王载沣的儿子溥仪。慈禧太后病逝之后，载沣以摄政王的身份辅佐溥仪登基，而这位摄政王载沣恰巧就是光绪帝载湉的弟弟。在戊戌变法失败后，光绪帝被慈禧太后幽禁在瀛台，原因就是袁世凯的出卖。而偏巧在这个时候，民间又流传着一个故事，说在光绪帝逝世之前，曾把一张字条交给自己的弟弟载沣，上面只有四个字：“杀袁世凯。”